同时，曼联还解决了索帅的燃眉之急，因为他们已经完美地填补了最弱一环在此前，由于卢克肖因伤无缘曼联队的欧联杯比赛大名单，所以卢克肖无法代表球队征战剩余的比赛伴随着这名主力球员无缘征战欧联杯，以及替补球员布兰登。
5月24日的欧罗巴联赛决赛曼联vs阿贾克斯 赢得欧罗巴联赛决赛也是曼联获得下赛季欧冠资格的唯一途径如果曼联在5月24日的欧罗巴联赛决赛中输给阿贾克斯，将使俱乐部损失5000万英镑曼联俱乐部与阿迪达斯早先签订的为期10年的赞助。
2017年5月25日，曼联在欧联杯决赛中20击败了阿贾克斯，获得了队史上第一座欧联杯冠军随着穆里尼奥问鼎欧联杯，曼联也重新获得了欧冠资格这是曼联首次进入欧联杯决赛，此前他们在欧冠赛场5进决赛3度捧杯，优胜者杯1次。
曼联能够在欧联杯中进入半决赛，这与索帅的建队策略以及指挥调整有着直接的关系，因为他自从上任球队的主帅一职以来，一直在为球队带来质的变化，而曼联队本赛季的战绩就说明了这一点现在跻身到欧联杯的四强，这是曼联队本。
北京时间2017年5月25日0245瑞典当地时间24日2045，20162017赛季欧联杯决赛在斯德哥尔摩的友谊球场展开角逐，曼联2比0取胜阿贾克斯，博格巴和姆希塔良进球曼联首度夺得欧联杯冠军，获得20172018赛季欧冠资格曼联也成为。
在两队的比分维持在00的情况下，布鲁诺费尔南德斯点射命中，曼联最终以10击败了对手，成功的进军到了四强，接下来将迎接狼队与塞维利亚之间的胜者对于曼联来说，能够打进欧联杯的半决赛，这是值得庆祝的好事，不过也的确。
曼联和塞尔塔的欧联杯半决赛是上个赛季的，最终曼联淘汰塞尔塔进入决赛，并且在决赛中击败阿贾克斯队夺冠。
北京时间12月12日晚20时瑞士当地时间12月12日下午13时，201617赛季欧联杯116决赛的抽签仪式在瑞士尼翁欧足联总部举行曼联将要对阵法甲的圣埃蒂安对于曼联来说，32强除了比利亚雷亚尔罗马热刺和里昂没有很强的。
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