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双塔时代=邓肯+大卫罗宾逊
马刺队标
1998-99赛季，马刺在季后赛首轮3比1战胜森林狼，次轮4比0横扫湖人，西部决赛横扫开拓者，最终杀入总决赛，并以4比1战胜了纽约尼克斯队，这是马刺队历史上首次获得NBA总冠军，邓肯以27.4分、14个篮板和2.2次盖帽当选为总决赛MVP。（双塔时代=邓肯+大卫罗宾逊）。
2002-03赛季，马刺更新了“嘉年华彩色”队标，回归原始的银、黑图形，以纪念大卫·罗宾逊的最后一个赛季。马刺取得了60胜22负的常规赛成绩，这是波波维奇担任主帅以来首次率队取得60胜战绩，他也获得了自己的首个年度最佳教练奖。季后赛第一轮，马刺以4比2淘汰太阳。西部半决赛4比2淘汰老对手湖人，西部决赛4比2淘汰小牛。总决赛，马刺击败篮网，赢得第二座NBA总冠军奖杯。邓肯包揽了常规赛和总决赛的MVP。他在总决赛中场均砍下24.2分17个篮板5.33次封盖5.3次助攻，加冕的第6战更是劈下21分20个篮板10次助攻8次盖帽（据说当时少算了3个盖帽，当时没有技术挑战）的逆天数据，险些成为总决赛上达成四双壮举的历史第一人。（GDP时代）
2004-05赛季，季后赛中，马刺以4比1轻取丹佛掘金队，4比2击败西雅图超音速队，4比1淘汰菲尼克斯太阳队。总决赛对阵拉里·布朗率领的底特律活塞队，7场总决赛邓肯场均20.6分14.1个篮板2.1次盖帽，再次收下FMVP奖杯。（GDP时代）
2006-07赛季，马首轮比赛马刺4比1淘汰丹佛掘金队。次轮邓肯以场均30.2分12.5个篮板3.1记盖帽带领马刺4-2淘汰菲尼克斯太阳队。西部决赛马刺4-1轻取犹他爵士。随后在总决赛中以4比0横扫勒布朗·詹姆斯率领的克利夫兰骑士队，再夺总冠军，（赛后，邓肯摸着詹姆斯的头，说”未来是你的“）
2013-14赛季，马刺开季前14战取得13胜，11月上中旬也顺利打出一波11连胜，创造了队史最佳开局。全明星周末后，马刺连胜19场，3月份的单月战绩为全胜，最终以62胜20负的常规赛排名联盟第一。常规赛马刺没有一名球员的场均上场时间达到30分钟，是ABA和NBA合并以来首支能做到这一点的球队。波波维奇第三度获得年度最佳教练殊荣。季后赛首轮马刺4比3淘汰小牛队。西部半决赛4比1淘汰开拓者队。西部决赛4比2淘汰雷霆队，再度与卫冕冠军热火队会师总决赛。最终马刺4比1夺冠，捧起了第五座总冠军奖杯。
邓肯是首位在三个”十年“都取得冠军的球员，被评为”历史第一大前“。在所有超级球星中，邓肯是唯一能力大于名气的球员，低调、谦虚。
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