从1944年10月美军重返菲律宾到1945年8月麦克阿瑟前往东京，这一时期美国正处于战后全球规划的谈判中，罗斯福去世后杜鲁门继任总统，菲律宾事务几乎默认由麦克阿瑟决定。
1944年9月麦克阿瑟写给陆军部的一封信中提到，他的目标是恢复战前菲律宾的社会秩序。这就意味着，战后菲律宾的政治权力仍然掌握在那些依靠家族政治维持统治地位的少数政治精英手中。
有人认为，美国人本可以按照更加平等和民主的方式重建菲律宾社会，但战前的精英们仅仅进行了微小的调整就保留了对群岛的统治。
虽然二战期间美军对菲律宾的抵抗运动进行了大量的调查，胡克与美军之间也冲突不断，但美国在战时并没有对胡克采取实质性行动。
针对胡克的迫害行动是在美军重返菲律宾后开始的。麦克阿瑟的传记作者威廉·曼彻斯特认为，麦克阿瑟支持马尼拉的精英阶层是为了制衡菲律宾的共产主义。
对于美国和菲律宾政治精英来说，共产主义代表了一种新的社会愿景，共产党有能力团结和动员农民建立一个新的社会经济秩序，很可能威胁到菲律宾政府的统治进而影响美国维持在该地区影响力的能力。
为了保障战后美国在菲律宾的战略利益，美国先后尝试了强制解除胡克的武装、抓捕主要领导人、只承认部分胡克成员试图“分而治之”等措施。此外由于美国在通敌者问题上的不作为，战前的精英阶层（包括有权势的通敌者）掌权后随即展开了对农民和胡克游击队成员的迫害。
美军重返菲律宾后，如何处理通敌者和重建菲律宾政府成为麦克阿瑟面临的首要问题。1944年6月29日，罗斯福曾声明，与敌人勾结的人必须撤职，否则将会影响菲律宾之后的政治和经济发展，这项声明既没有进一步界定范围也没有规定实施细则，被认为是美国对菲律宾通敌者问题的总体政策，在莱特登陆前由参谋长联席会议以指示的形式传达给麦克阿瑟司令部。
此外，战争期间菲律宾在华盛顿的流亡政府没有就对日合作问题发表言论，奎松去世后继任的副总统奥斯梅尼亚返回菲律宾后也不愿为此制定任何明确的政策，而是希望寻求美国的帮助。
1943年伪政府成立，麦克阿瑟曾愤怒地宣布“等我们的军队登陆吕宋岛……掘地三尺也要把每一个阻碍美国官员或士兵的行动、破坏自己祖国复兴事业的不忠的菲律宾人抓出来。”
1944年麦克阿瑟就在考虑菲律宾的未来体制，自认为没有谁比自己更有权力塑造这个国家的未来了，他知道如果派出大批美国人管理菲律宾事务可能会发生动乱，所以他打算把权力下放至菲律宾人。
但在现实中，麦克阿瑟与奥斯梅尼亚之间的疏远和对罗哈斯的包容，使得战后菲律宾的局势更加复杂。
麦克阿瑟认为奥斯梅尼亚胆小，容易受到内政部长伊克斯等美国政府官僚的影响，他可能不够坚强，无法实现美国政府承诺的独立。
而罗哈斯则是麦克阿瑟的老朋友，尽管罗哈斯曾在劳雷尔政府中任职，麦克阿瑟及其顾问仍然认为他是唯一有能力以符合他们设想和利益的方式重建菲律宾的人，最终恢复了他的军衔。
麦克阿瑟在菲律宾事务上的强势与美国内政部打算派代表（可能是驻菲高级专员）到菲律宾有关。麦克阿瑟与内政部长伊克斯的矛盾由来已久，他从未承认过伊克斯在菲律宾的影响。
1945年9月，美国驻菲总领事认为，麦克阿瑟将被指控的通敌者移交给菲律宾当局只会在选举中加强罗哈斯的实力，菲律宾当局很可能不会对通敌者采取行动。
1945年9月3日，奥斯梅尼亚下令，尚未被正式指控的政治犯可以保释，当时已经有3,800至4,000名通敌者被关进监狱，抗日游击队和民族主义者对此表示十分失望。
美国政府也注意到了通敌者问题的影响力。伊克斯写信给奥斯梅尼亚，提醒他一旦美国政府认为菲律宾当局未能严肃处理通敌者问题，可能不愿将资金用于菲律宾重建事务。
奥斯梅尼亚在给伊克斯的回信中表示，美军拒绝提供相关案件的信息，并且麦克阿瑟恢复罗哈斯的军衔对通敌者问题的处理造成了影响。
1945年9月，杜鲁门重建菲律宾高级专员办事处，高级专员麦克纳特在报告中提到，胡克游击队的活动使得外界普遍认为中吕宋地区处于无政府状态，很快就会爆发动乱。杜鲁门曾公开表示对菲律宾的政治局势以及美国拖延恢复菲律宾的社会秩序不满。
麦克阿瑟前往日本后不再反对高级专员在菲律宾的权力，因为他已经巩固了罗哈斯和其他有权势的合作者的地位，相信他们不会再有被起诉的危险。
但基于种种原因，杜鲁门政府最终没有干预菲律宾通敌者问题的处理。1948年1月28日，罗哈斯宣布特赦被指控对日合作的人。与此同时，菲律宾政府拘留了数百名游击队员，他们被指控在日本占领时期实施暴力活动。
美国在通敌者问题上的不作为给菲律宾社会留下了隐患。“最初旨在彻底进行社会变革的直接统治制度最终以确立传统寡头政治的支配地位而结束”。菲律宾的政治精英重新获得权力，他们一边谈论着法律与民主，一边对现实中下层民众遭受的不公正境遇视而不见。
而那些对日作战并帮助美国重返菲律宾的人却遭受迫害，这对长久以来积极抗日的胡克游击队来说是难以接受的。
美国和菲律宾政府对胡克游击队的迫害是多方面的，他们拒绝承认胡克的抗日贡献，抓捕胡克的主要领导人，宣称他们只是拥有武器的平民，在强制解除胡克成员武装的时候还出现了流血冲突。
美国曾将战时的美军游击队重新组建为军事警察，许多战时伪政府的警察在日军失败后也纷纷加入，胡克却被明确排除在外，甚至被强制解除武装。
麦克阿瑟在进入马尼拉后曾否决了讨伐胡克的建议，还表示如果自己是一个在甘蔗地里劳作的菲律宾农民，他也可能会成为一个胡克人。
对农民的同情是一方面，但胡克的共产主义色彩始终是麦克阿瑟及其幕僚忌惮的。
虽然麦克阿瑟并没有直接下令解除胡克武装，美军也没有正式接到命令参与公开的反胡克活动，但从马洛洛斯镇事件可以看出，这种行动实际上是被默许的，美国间接参与了反胡克活动，他们试图以牺牲胡克游击队为代价来确保中吕宋地区的稳定。
1945年2月22日和4月8日，美国反情报部门（CIC）先后逮捕了多名胡克领导人，包括卡斯托·亚历杭德里和路易斯·塔鲁克，引起胡克成员和民众的大规模示威游行。经过反情报部门（CIC）的筛选，美军在菲律宾任命了一批没有通敌嫌疑的临时官员。
这些人取代了胡克在战时任命的地方政府官员，美军还以维持和平秩序为名驻扎在支持胡克的城市里。另一方面，麦克阿瑟其实更加倾向于承认和任命那些没有挑战传统社会秩序的游击队人员。
1945年9月，当局迫于民众的压力将塔鲁克等人释放。美军要求他们提供所有胡克领导人的具体位置以及共产党员的数量，塔鲁克等人拒绝在缴械的文件上签字，但表示军队可以听候美军调动用于抗日。
虽然美军和菲律宾当局的迫害越来越严重，但美苏还处于合作状态，胡克领导人仍然对罗斯福抱有信心，再加上美国内政部长伊克斯一直强烈反对通敌者，胡克并没有做出过激反应。
许多抗日游击队领导人都试图利用战争造成的政治真空融入到战后的政局中去，不过他们并不想挑战政治精英的权力。
一些有野心的政治家急切且不加分辨的将任何帮助过游击队的个人乃至通敌者都拉入麾下。塔鲁克等人认为，胡克遭受的迫害是美国和地主阶级共同维持统治的结果，不过他们也意识到麦克阿瑟只是希望恢复原状。
另一方面，战争过后美军的存在实际上有利于建立相对稳定的社会秩序。胡克游击队采取了妥协退让政策，在战争结束后解散了中吕宋地区的民主政权，宣布游击队复员并组建了胡克退伍军人组织。
但美国认为胡克主动交出武器只是权宜之计，意在获得更多武器和声望，他们并不会彻底解散更不会完全解除武装。
再加上，塔鲁克等胡克领导人也一直对外宣称拥有武器是全体公民应享有的权利。退伍回乡的胡克成员大多家境贫寒，胡克将战时的花名册交给美军，希望能够被政府承认获得退伍军人的福利待遇。
1947年，胡克曾请求游击队事务部门（GuerrillaAffairsDivision,GAD）修改数百人的名字。除了不准确的名单，美军拒绝承认胡克游击队的原因还在于缺乏真实有效的依据，例如胡克曾提交了一份由6位著名人士签署的声明，有人曾在战时与胡克共同作战，其余的可能是道听途说，但他们仍然宣称胡克在战时积极对日作战，后来有4个人承认并没有仔细阅读文件。
与此同时，一些在战时参加过游击队的菲律宾军官对美国打算承认更多的胡克成员表示不满，他们认为胡克在战时杀害的其他游击队成员比日本人还多。
最终菲律宾政府只承认了四个中队，约2,000名士兵，胡克上交的花名册还被美国反情报部门用于辨认、逮捕或杀害胡克成员，回乡的胡克成员还遭到了地主的驱赶。
得不到政府和美国的承认也就意味着将视为平民，但胡克更清楚只要地主的私人武装还存在，交出武器就无法保证自己的安全。战后中吕宋的地主积极招募私人武装，拥有武器的胡克退伍军人也组织起来对抗地主的迫害。
由于这些私人武装的存在，菲律宾政府对民众承诺的“和平与秩序”实际上是不可能实现的。菲律宾独立后，中吕宋的农民重新开始了争取土地改革的斗争。
1945年10月，杜鲁门向菲律宾高级专员保罗·麦克纳特提到过菲律宾的土地问题，农民在战时组成的游击队威胁到了战后菲律宾政府的稳定，杜鲁门希望能够尽快进行调查并采取相应的措施。
但麦克纳特却并不打算研究这方面的情况，他认为这是菲律宾政府的责任，土地问题与政治经济稳定相比是无关紧要的，任何改善菲律宾农民生存状况的努力都应当是渐进的而不是革命性的，并取决于菲律宾土地精英的选择。
而菲律宾政府在处理国内持不同政见者的问题时采取了强硬的武力镇压，反而激化了矛盾，导致战后中吕宋地区的暴力活动迅速蔓延开来。从1946年1月开始，美国向中吕宋的警察和军队提供补给，支持地主的私人武装。
罗哈斯当选总统后以“和平与秩序”为由镇压中吕宋的农民活动。武器问题成为了一个灵活的措辞，菲律宾政府有理由逮捕和审问大批平民。至1946年6月10日，有500多名农民和农民领袖被杀害，约1500人被拷打、监禁、残疾或是失踪。
显然美国对菲律宾地主私人武装的支持是不可能平息菲律宾国内的暴力活动的，拥有武器的平民（主要是退伍的胡克士兵）和地主之间的矛盾很容易被演变为激烈的暴力冲突。塔鲁克曾写给罗哈斯一封公开信，控诉其军事警察、平民警卫等组织对农民的暴行。
他坚持认为，胡克并不主张武装起义，始终在现有政府的框架内追求自己的目标。但胡克仍然重新整顿了军队，并要求只有在受到攻击、对方逼迫过甚或民众受到过分迫害寻求保护的时候，才可以使用武力。
1946年5月，《马尼拉时报》每天都在报道吕宋中部日益恶化的暴力冲突，很多人都认为当前的冲突源于土地问题，《纽约时报》也刊登了大量的采访报道，受访者认为战后菲律宾政府无力解除平民警卫的武装、无法控制军事警察的行动以及强制解除胡克武装是造成持续流血冲突的主要原因。
战后菲律宾流通的武器很大一部分是来自美国的战争剩余物资，甚至形成了一个地区性的武器贩卖网络，但两国政府更关心的是这些武器对菲律宾国内安全和权力结构的威胁。
美国要将菲律宾打造为战后东南亚地区非殖民化国家的榜样，就需要帮助菲律宾政府尽快控制国内的暴力活动，菲律宾政府和军方也在要求美国提供更多援助，加强对国内持不同政见者的镇压。
美国的援助反而助长了菲律宾的暴力冲突。农民的土地诉求被政府否决，持续不断的暴力活动加剧了农民的困境。与战时一样，很多农民加入胡克是为了寻求安全与保障。
1946年，中吕宋地区的暴力冲突宣告了战后菲律宾政府对国内持不同政见者政策的失败，也间接证明了战后美国在菲律宾的政策存在重大失误。
1945年10月，美国政府相关部门已经对菲律宾事务进行了调查，美国本可以迅速采取措施，毕竟当时菲律宾的政治精英还需要美国的庇护。
但杜鲁门更加关注菲律宾资本主义的发展，他和政府的顾问们都没有意识到，将菲律宾封建的土地经济转变为资本主义的商品经济极其艰难，仅对现有的政治经济结构进行改革是不够的。
美国情报机构认为，菲律宾游击队领导人从事政治活动是因为不愿将战时的特权拱手让给尚且软弱的政府。1945年3月14日，美国联邦调查局局长埃德加·胡佛（EdgarHoover）写信给麦克阿瑟，告知麦克阿瑟联邦调查局的特工将会进驻他的司令部进行情报活动。
1946年3月30日，联邦调查局在马尼拉的办事处发出了第一份关于菲律宾共产主义运动的报告，分析了菲律宾共产党与民主同盟、全国农民联盟以及胡克游击队之间的关系。
从麦克阿瑟对胡克游击队采取的行动来看，其中既有对共产主义的厌恶又有现实的利益，他不允许挑战菲律宾传统政治结构的势力存在。而美国联邦调查局的介入，则带有更加浓厚的冷战色彩。
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